COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 18.530960 18.530960 18.883589
2021-03-08 17:00:00 23.345480 19.084250 18.900644
2021-03-07 17:00:00 19.084250 19.084250 18.764639
2021-03-06 17:00:00 19.662164 19.662164 18.641792
2021-03-05 17:00:00 18.735969 18.735969 18.592560
2021-03-04 17:00:00 20.378425 20.378425 18.551633
2021-03-03 17:00:00 18.023336 18.023336 18.374363

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 10.042965 7.932131 15.786332
2021-03-08 17:00:00 11.736887 11.736887 14.818398
2021-03-07 17:00:00 15.472860 15.472860 14.887477
2021-03-06 17:00:00 19.820628 19.820628 14.759956
2021-03-05 17:00:00 9.448662 17.916667 14.886868
2021-03-04 17:00:00 23.105902 23.105902 14.648240
2021-03-03 17:00:00 22.541306 22.541306 14.324638

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 16.077739 16.077739 15.953700
2021-03-08 17:00:00 12.962963 14.649034 15.379857
2021-03-07 17:00:00 16.161616 16.161616 15.069153
2021-03-06 17:00:00 16.542751 16.542751 14.843714
2021-03-05 17:00:00 16.683622 16.683622 14.612976
2021-03-04 17:00:00 17.453505 17.453505 14.471670
2021-03-03 17:00:00 15.856777 15.856777 14.447925

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 6.699640 6.699640 8.343056
2021-03-08 17:00:00 8.113036 4.001799 8.296799
2021-03-07 17:00:00 10.439560 10.439560 8.371256
2021-03-06 17:00:00 10.900298 10.900298 8.379585
2021-03-05 17:00:00 9.785472 9.785472 8.414897
2021-03-04 17:00:00 9.354305 9.354305 8.409850
2021-03-03 17:00:00 9.087317 9.087317 8.353626

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 19.347236 19.347236 17.463170
2021-03-08 17:00:00 25.480471 17.911767 17.530279
2021-03-07 17:00:00 15.184768 15.184768 17.344358
2021-03-06 17:00:00 19.325675 19.325675 17.196432
2021-03-05 17:00:00 16.824532 16.824532 17.193082
2021-03-04 17:00:00 17.024925 17.024925 17.086154
2021-03-03 17:00:00 15.923374 15.923374 16.998299

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 43.075013 43.075013 38.431334
2021-03-08 17:00:00 61.473554 61.473554 37.821813
2021-03-07 17:00:00 38.498362 38.498362 37.250260
2021-03-06 17:00:00 43.122081 34.649767 36.643446
2021-03-05 17:00:00 40.218065 32.040639 36.273609
2021-03-04 17:00:00 30.340963 30.340963 35.636570
2021-03-03 17:00:00 33.405876 33.405876 34.835990

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 22.964670 22.964670 20.446590
2021-03-08 17:00:00 24.599881 24.599881 20.248883
2021-03-07 17:00:00 20.601238 20.601238 20.024381
2021-03-06 17:00:00 20.288521 20.288521 19.805189
2021-03-05 17:00:00 20.300937 20.300937 19.498591
2021-03-04 17:00:00 18.498274 18.498274 19.328501
2021-03-03 17:00:00 19.862425 19.862425 19.015097

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 7.152854 7.152854 7.153465
2021-03-08 17:00:00 13.821903 5.873238 7.064375
2021-03-07 17:00:00 7.087133 7.087133 7.046886
2021-03-06 17:00:00 6.583825 7.917933 7.034127
2021-03-05 17:00:00 7.073612 7.073612 7.076362
2021-03-04 17:00:00 8.701876 8.701876 7.064504
2021-03-03 17:00:00 7.535197 7.535197 7.009405

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 9.590101 9.590101 11.863995
2021-03-08 17:00:00 17.282958 8.313998 12.078236
2021-03-07 17:00:00 14.253898 14.253898 12.050038
2021-03-06 17:00:00 11.034483 11.034483 12.177442
2021-03-05 17:00:00 13.223787 13.223787 12.318389
2021-03-04 17:00:00 14.541623 14.541623 12.511256
2021-03-03 17:00:00 13.161660 13.161660 12.490035

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 35.790027 35.790027 32.844222
2021-03-08 17:00:00 28.340929 28.340929 32.688864
2021-03-07 17:00:00 31.827723 31.827723 32.344702
2021-03-06 17:00:00 34.703140 34.703140 32.195841
2021-03-05 17:00:00 31.996561 31.996561 31.996298
2021-03-04 17:00:00 31.602736 31.602736 31.633611
2021-03-03 17:00:00 32.208266 32.208266 31.244092

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 18.774967 18.774967 19.481619
2021-03-08 17:00:00 20.173410 20.173410 19.433981
2021-03-07 17:00:00 24.433611 24.433611 19.379720
2021-03-06 17:00:00 19.078047 19.078047 18.768624
2021-03-05 17:00:00 21.953826 21.953826 18.570001
2021-03-04 17:00:00 23.342647 23.342647 18.009487
2021-03-03 17:00:00 15.881984 15.881984 17.721387

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 5.442177 5.442177 8.884316
2021-03-08 17:00:00 8.215962 8.215962 9.117199
2021-03-07 17:00:00 7.985697 7.985697 9.554797
2021-03-06 17:00:00 7.424242 7.424242 9.606385
2021-03-05 17:00:00 16.193853 16.193853 9.906148
2021-03-04 17:00:00 7.865169 7.865169 9.982742
2021-03-03 17:00:00 8.985283 8.985283 10.031315

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 81.651376 81.651376 73.400608
2021-03-08 17:00:00 61.538462 152.447552 72.754498
2021-03-07 17:00:00 34.932821 34.932821 70.961370
2021-03-06 17:00:00 203.738318 203.738318 70.842785
2021-03-05 17:00:00 63.888889 63.888889 70.421700
2021-03-04 17:00:00 55.482456 55.482456 70.661772
2021-03-03 17:00:00 69.825436 69.825436 71.053520

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 28.063241 28.063241 47.952888
2021-03-08 17:00:00 34.728033 34.728033 50.349554
2021-03-07 17:00:00 56.468172 56.468172 52.396326
2021-03-06 17:00:00 53.731343 53.731343 53.842635
2021-03-05 17:00:00 59.183673 59.183673 56.169845
2021-03-04 17:00:00 62.397820 62.397820 59.242021
2021-03-03 17:00:00 52.500000 52.500000 61.935863

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 19.120713 19.120713 21.190718
2021-03-08 17:00:00 28.173590 28.173590 21.329745
2021-03-07 17:00:00 23.400061 23.400061 21.262777
2021-03-06 17:00:00 18.832055 18.832055 21.070779
2021-03-05 17:00:00 16.878604 16.878604 20.775305
2021-03-04 17:00:00 41.553212 41.553212 20.588335
2021-03-03 17:00:00 19.730424 19.730424 20.334875

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 21.617079 21.617079 29.571806
2021-03-08 17:00:00 21.146315 44.891420 29.668139
2021-03-07 17:00:00 53.946754 53.946754 29.075118
2021-03-06 17:00:00 30.495579 30.495579 28.492964
2021-03-05 17:00:00 27.175163 27.175163 27.881970
2021-03-04 17:00:00 31.193059 31.193059 27.503890
2021-03-03 17:00:00 26.682184 26.682184 26.939987

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 7.097715 4.132231 4.023671
2021-03-08 17:00:00 7.142857 3.401701 4.012739
2021-03-07 17:00:00 4.752376 4.752376 3.993990
2021-03-06 17:00:00 3.965236 3.965236 3.980791
2021-03-05 17:00:00 3.641571 3.641571 3.968455
2021-03-04 17:00:00 4.612756 4.612756 3.964736
2021-03-03 17:00:00 4.263402 4.263402 3.926668

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 13.452408 13.452408 12.450596
2021-03-08 17:00:00 12.055243 12.055243 12.239010
2021-03-07 17:00:00 12.814238 12.814238 12.009663
2021-03-06 17:00:00 12.827736 12.827736 11.827062
2021-03-05 17:00:00 11.988912 11.988912 11.702991
2021-03-04 17:00:00 12.436154 12.436154 11.576069
2021-03-03 17:00:00 10.933063 10.933063 11.431645

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 8.704348 8.704348 9.209423
2021-03-08 17:00:00 13.015749 7.805792 9.128608
2021-03-07 17:00:00 10.085597 10.085597 9.145596
2021-03-06 17:00:00 10.021702 10.021702 9.137444
2021-03-05 17:00:00 9.608930 9.608930 9.191793
2021-03-04 17:00:00 9.512476 9.512476 9.131213
2021-03-03 17:00:00 8.772724 8.772724 9.099751

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 19.446773 19.446773 31.712821
2021-03-08 17:00:00 33.600000 213.600000 31.578967
2021-03-07 17:00:00 27.657143 27.657143 31.091657
2021-03-06 17:00:00 27.717924 27.717924 30.684856
2021-03-05 17:00:00 32.275711 32.275711 30.562952
2021-03-04 17:00:00 29.535398 29.535398 30.276569
2021-03-03 17:00:00 25.704526 25.704526 29.952614

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 4.371585 4.371585 6.176955
2021-03-08 17:00:00 55.555556 16.666667 6.280720
2021-03-07 17:00:00 2.491103 2.491103 6.316914
2021-03-06 17:00:00 4.776119 4.776119 6.402476
2021-03-05 17:00:00 24.193548 24.193548 6.634984
2021-03-04 17:00:00 11.224490 11.224490 6.600524
2021-03-03 17:00:00 5.487805 5.487805 6.837291

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-09 17:00:00 28.832706 38.751657 32.722049
2021-03-08 17:00:00 32.827407 18.267375 31.890907
2021-03-07 17:00:00 33.252165 33.252165 31.719118
2021-03-06 17:00:00 28.400074 39.320388 31.625327
2021-03-05 17:00:00 34.573857 34.573857 31.610703
2021-03-04 17:00:00 35.883205 35.883205 31.423510
2021-03-03 17:00:00 33.030382 33.030382 31.130489

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.042965 7.932131 15.786332
Basilicata 16.077739 16.077739 15.953700
Calabria 6.699640 6.699640 8.343056
Campania 19.347236 19.347236 17.463170
Emilia-Romagna 43.075013 43.075013 38.431334
Friuli Venezia Giulia 22.964670 22.964670 20.446590
Lazio 7.152854 7.152854 7.153465
Liguria 9.590101 9.590101 11.863995
Lombardia 35.790027 35.790027 32.844222
Marche 18.774967 18.774967 19.481619
Molise 5.442177 5.442177 8.884316
P.A. Bolzano 81.651376 81.651376 73.400608
P.A. Trento 28.063241 28.063241 47.952888
Piemonte 19.120713 19.120713 21.190718
Puglia 21.617079 21.617079 29.571806
Sardegna 7.097715 4.132231 4.023671
Sicilia 13.452408 13.452408 12.450596
Toscana 8.704348 8.704348 9.209423
Umbria 19.446773 19.446773 31.712821
Valle d'Aosta 4.371585 4.371585 6.176955
Veneto 28.832706 38.751657 32.722049

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Tue Mar 9 19:41:19 2021 revision 219, 57ba911